Les éléments génétiques mobiles (EGM) ou éléments transposables (ET), découverts à la fin des années 40 par Barbara McClintock chez le maïs, sont des segments d'ADN capables du mouvement à l'intérieur et entre des génomes. Les EGM appartiennent à un groupe d'éléments divers présents dans la plupart des génomes. Ils représentent un pourcentage extrêmement élevé (45%) du génome humain comparé aux régions codantes (exons ; 1.5%) et sont des composantes relativement significatives des génomes de C. elegans (6.5%), de D. melanogaster (3.1%) et d' E. coli K12 (2%). Chez les bactéries, il a été démontré que les MGEs jouent un rôle important dans le transfert génétique horizontal et sont connus pour séquestrer et transmettre un grand nombre de gènes divers impliqués dans des fonctions cellulaires accessoires telles que la résistance antimicrobienne, le catabolisme des xénobiotiques , la pathogénicité, la virulence et la symbiose. Ils produisent également des inversions, des délétions ainsi que des fusions de molécules d'ADN en plus de leur capacité d'inactiver ou d'activer l'expression des gènes. Ils peuvent en conséquence influencer profondément la structure du génome.
Le groupe s’intéresse à l'impact des EGM sur les génomes bactériens. Nous étudions une sous-classe de ces derniers, connus sous le nom de séquences d’insertions (IS). Nous utilisons la Génétique, la Biochimie et la Biophysique (technologie de visualisation de molécule unique en collaboration avec L. Salomé (Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale) pour étudier le mécanisme de transposition. Nous analysons en particulier le mécanisme de la transposition d' IS911, un membre de la famille IS3 des séquences d'insertion qui codent une transposase de la famille à DDE et avons démontré que cet IS transposaient en utilisant un nouveau mécanisme asymétrique (voir figure). Nous nous intéressons également au mécanisme de transposition de deux autres ISs qui codent des transposases à DDE, IS1 et IS30. Plus récemment nous avons commencé à analyser un membre d'un groupe relativement nouveau, IS608. Cet élément, isolé chez Helicobacter pylori mais fonctionnel chez E. coli, code une transposase qui ne ressemble à aucun groupe majeur de transposases connue jusqu'ici mais qui ressemble étroitement à la transposase d'IS200. Les recherches sur les bases de données indiquent qu'il est présent dans beaucoup d'eubacteria et archae.
Nous alimentons également la Base de donnée internationale de l’IS, sur ISfinder. Cette Base de données, distribue des noms pour les éléments nouvellement isolés et les rassemble dans des familles d'IS. Le site contient un grand nombre d’informations basées sur une série d'articles du groupe donnant une vue d'ensemble très étendue du sujet.
|
