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Eléments Génétiques Mobiles


Single strand transposition and IS200/IS605 family

 

« Domesticated »  HuH  transposases and REP/BIME evolution
ISfinder

 

Les éléments génétiques mobiles (EGM) jouent un rôle fondamental dans la dynamique des génomes bactériens et dans la capacité des populations bactériennes à s'adapter rapidement à des changements environnementaux. Ces éléments participent activement dans le processus de transfert horizontal des gènes. L'objectif de nos recherches est de fournir une description intégrative de la mobilité de certains groupes d'EGM : mécanismes moléculaires, régulation et impacts sur la dynamique des génomes.

Notre étude actuelle se consacre aux éléments de type « HuH » dans la structuration et le remodelage des génomes bactériens. Ces éléments codent des transposases apparentées aux protéines Rep (réplication en cercle roulant) et aux relaxases (transfert conjugatif). Nous caractérisons le mécanisme de transposition simple brin et de capture de gènes de certaines familles de séquences d'insertion bactériennes. Un autre axe de recherche concerne la compréhension du rôle des « transposases HuH domestiquées » dans la plasticité génomique et dans la multiplication des séquences REP (Repeated Extragenic Palindrome) dans des génomes. L'équipe a également créé et entretient ISFinder, une base de données des séquences d'insertion bactériennes, référence mondiale dans le domaine.

Organisme étudié :

Escherichia coli.

Mots clés :EGM, plasticité génomique, transfert horizontal, transposition

 

 

 


 

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Laboratoire de Microbiologie
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