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Génomique des Systèmes Intégrés

 

 

 

 


 

De nombreuses fonctions biologiques nécessitent la participation coordonnées de plusieurs partenaires protéiques sous la forme d'un assemblage macromoléculaire (appelé système intégré) permanent ou sous forme de contacts épisodiques. La thématique de l'équipe est centrée sur l'identification, la reconstruction et l'analyse de ces assemblages dans les génomes bactériens complètement séquencés, au moyen d'approches bio-informatiques. Nous nous intéressons plus particulièrement aux systèmes bactériens constitués de protéines appartenant à des familles multigéniques et impliqués dans les échanges de la bactéries avec le milieu extérieur. L'obtention des répertoires de ces différents systèmes et leur comparaison entre les différents organismes permettent d'aborder les questions liées à l'évolution de ces systèmes et à leur implication dans l'adaptation de la bactérie à son environnement. Nos premières études ont porté sur la famille des transporteurs ABC, systèmes impliqués dans l'import et l'export de différentes molécules à travers la membrane cytoplasmique et ont conduit à la création d'une base de données publique (ABCdb).

Ces stratégies sont actuellement étendues à l’analyse de processus biologique complexes en prenant comme modèle la transformation génétique naturelle qui serait présente chez de nombreuses espèces bactériennes (cf. Equipe JP Claverys). Ce processus fait intervenir des systèmes macromoléculaires complexes (machinerie d’entrée de l’ADN, procesosome) et est finement régulé. L’approche de génomique comparative entreprise vise à élucider les trajectoires évolutives, la mise en place et la régulation de ce processus.

Un autre aspect de notre travail concerne l’étude des réarrangements chromosomiques entre génomes d’espèces proches ou appartenant à la même espèce. L’originalité de notre approche est de replacer ces évènements sur un arbre phylogénétique afin de pouvoir analyser, à chaque nœud, les réarrangements qui se sont produits entre le génome ancêtre inféré et ses deux plus proches descendants. Notre plate-forme d’exploration est disponible sur le site de la génopole de Toulouse (cliquez ici).

Mots clés :

ABC transporteur, système intégré, génomique comparative, évolution des génomes, bio-informatique, base de données, représentation des connaissances.

Financement :

Projet ISYMOD+ financé dans le cadre de l'appel d'offre 2003 de l'Action Concertée Incitative IMPbio du Ministère.

Liens supplémentaires :

Reconstruction des systèmes intégrés : une application aux systèmes de transport bactériens
ABCdb : une base de données sur les ABC transporteurs

 

 

 


 

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